清康熙二十三年，台湾设一府三县，云林地方属诸罗县，干隆二十六年在斗六置斗六门巡检，光绪十三年台湾设省并设云林县，光绪二十八年日本人由于当地抗日事件之激烈乃废之设斗六厅及至光复后，民国三十九年调整行政区域恢复云林县，据史书记载于明天启二年(一六二二年)，即有闽人颜思齐、郑芝龙等登陆其地，是为大陆集体移民登陆台湾本岛垦殖之始。荷据时期，笨港为荷兰海防要塞之一。

台湾归清版图后，漳泉和客家之移民大举进入云林地方垦殖，可由现存的庙宇来分类证实之，客家移民信奉三山国王，故在云林、嘉义一带有许多三山国王庙，为古时客家移民所创建，至客家人迁移后成为漳泉移民信仰之对象，而漳人则为开漳圣王庙代表。古时泉人分布在安林西边沿海，漳人则在东边平原定居，而客家人则也集聚一方，这些不同的文化团体，时常发生分类械斗。北港镇最初为漳人所定居，泉人移入后，漳人便南迁至今日嘉义县新港乡。昔日有此一说，北港泉人称新港漳人为「新港舅」，有女不嫁新港漳人，这种习俗便是彰泉分类械斗之产物。

清代初期，由于漳泉移民大量由笨港进入，使得当时笨港渡口一带成为一大聚落，居民大集，通渔盐、兴贩外国，熙来攘往，立庙(妈祖庙)于镇渡，及至干隆十五年，笨溪(今北港溪)泛滥，河道南移，笨港街市为之划分为二，于是又有北港、南港之分。

光绪二十年倪赞元所着「云林县采访册」则说：「北港街，印笨港，因在港之北，故名北港，东西南北共分人街，烟户七千余家郊行林立，尘市昆连，金、厦、南澳、安边、澎湖商船，经常由内地载运布批、洋酒、杂货、花金等项，来港销售。转贩石、芝麻、奇糖、白豆出口。又有竹筏为洋商载运樟脑前赴安平，转载轮船运往香港等处。百货集，六时成市，贸易之盛，为云邑冠，俗人呼为小台湾焉。」

由此可知，当时的笨港为云嘉等地物，为安平之货品转运站。南街在今嘉义县新港乡，此两地为昔日的产品出口港；与台南的安平已有所经贸往来。

光绪十三年（西元1887 年）八月奉准正式建立台湾省，当时新任台湾巡抚 刘铭传会同闽浙总督杨昌浚合奏的《台湾郡县添改撤裁折》疏曰：

窃臣等于光绪十二年六月十三日，会奏台湾改设事宜折内，声明彰化等县 地舆太广，亟需分治设官，奉旨：“该部议奏，钦此”。旋准部咨，议会酌 度情形奏明办理等因。伏查台湾疆域，南北相距七百余里⋯⋯；如彰化、 嘉义、凤山、新竹、淡水等县，纵横多至二、三百里，鞭长莫及，治化何 由？且防务为治台要领，辖境太广，则耳目难周，控制太宽，则声气多 阻⋯⋯嘉义之东，彰化之南，自浊水溪始，石圭溪止，截长补短，方长约百余里，拟添设一县曰云林县⋯⋯。

光绪十三年（1887 年）九月初八日诏曰可，于是云林县成为新建之台湾省所辖四县之一，县治先设于林圯埔（今南投县竹山镇）后又迁至斗六门（今斗六市）。日治不久取消云林县，战后复设迄今，范围为台南州斗六、虎尾及北港等郡。县治当初则为斗六与虎尾两镇相争，最后由斗六胜出，但地方法院设于虎尾。1981年12月25日，斗六镇升格县辖市。

然而，今日云林县范围与清代已有相当不同，例如昔日县治林圯埔（竹山）不属于今云林县辖内。又事实上，“云林”一名系取自竹山境内地名。